金华市农科院主要从事农业新品种的选（引）育，农业新技术的开发应用、生态农业、设施农业等方面的研究及技术推广与培训工作，涉及粮、棉、果、蔬、花卉及畜牧等相关专业领域，结合本地区农业生产的发展过程及存在的问题开展科学研究，直接为农民增收、农业增效服务。在省市各级的领导和关怀下，金华市农科院已发展成为研究力量雄厚、具有一定学科优势和地域特色的地区性综合研究机构。院内设行政办公室、科研与成果管理处、作物研究所、植物保护研究所、果树研究所、蔬菜研究所、花卉苗木研究所、畜牧研究所及现代农业新品种引种试验场。